Я использовал R в RStudio в среде conda с различными пакетами биопроводников. Но вдруг я столкнулся с этой ошибкой при попытке загрузить пакет:

 ImportError: /home/user/anaconda3/envs/dmcgb/bin/../lib/libstdc++.so.6: версия `GLIBCXX_3.4.30' не найдено (требуется /lib/x86_64-linux-gnu/libLLVM-13.so.1)
 

Это не первый раз, когда у меня возникает эта ошибка, поэтому я сделал то, что делал раньше, чтобы решить ее. Я удалил среду и попытался воссоздать ее, но столкнулся с другой ошибкой при запуске conda create -n dashboard_2 -c conda-forge -c bioconda r-seurat=4* bioconductor-enrichplot bioconductor-clusterprofiler bioconductor-deseq2 :

 ОШИБКА conda.core.link:_execute(740): ошибка при установке пакет 'bioconda::bioconductor-genomeinfodbdata-1.2.9-r42hdfd78af_0'.
Откат транзакции: выполнено
класс: LinkError
сообщение:
Сбой сценария пост-ссылки для пакета bioconda::bioconductor-genomeinfodbdata-1. 2.9-r42hdfd78af_0
расположение сбойного скрипта: /home/ezequielp/anaconda3/envs/dashboard_2/bin/.bioconductor-genomeinfodbdata-post-link.sh
==> сообщения скрипта <==
<Нет>
==> вывод скрипта <==
стандартный вывод: /home/ezequielp/anaconda3/envs/dashboard_2/share/genomeinfodbdata-1.2.9/"GenomeInfoDbData_1.2.9.tar.gz": ОК
                                                                                                                                                                                                                   
stderr: ++ имя каталога -- /home/ezequielp/anaconda3/envs/dashboard_2/bin/installBiocDataPackage.sh
+ SCRIPT_DIR=/home/ezequielp/anaconda3/envs/dashboard_2/bin/../share/bioconductor-data-packages
+ json=/home/ezequielp/anaconda3/envs/dashboard_2/bin/../share/bioconductor-data-packages/dataURLs.json
++ yq '."genomeinfodbdata-1.2.9".fn' /home/ezequielp/anaconda3/envs/dashboard_2/bin/../share/bioconductor-data-packages/dataURLs.json
+ FN='"GenomeInfoDbData_1.2.9.tar. gz"'
+ ИФС=
+ прочитать -r значение
++ yq '."genomeinfodbdata-1.2.9".urls[]' /home/ezequielp/anaconda3/envs/dashboard_2/bin/../share/bioconductor-data-packages/dataURLs.json
+ URL-адреса+=($значение)
+ ИФС=
+ прочитать -r значение
+ URL-адреса+=($значение)
+ ИФС=
+ прочитать -r значение
+ URL-адреса+=($значение)
+ ИФС=
+ прочитать -r значение
++ yq '."genomeinfodbdata-1.2.9".md5' /home/ezequielp/anaconda3/envs/dashboard_2/bin/../share/bioconductor-data-packages/dataURLs.json
+ MD5="7cc138cfb74665fdfa8d1c244eac4879"'
+ STAGING=/home/ezequielp/anaconda3/envs/dashboard_2/share/genomeinfodbdata-1.2.9
+ mkdir -p /home/ezequielp/anaconda3/envs/dashboard_2/share/genomeinfodbdata-1.2.9+ TARBALL='/home/ezequielp/anaconda3/envs/dashboard_2/share/genomeinfodbdata-1.2.9/"GenomeInfoDbData_1.2.9.tar.gz"'
+ УСПЕХ=0
+ для URL в ${URLS[@]}
++ эхо '"https://bioconductor.org/packages/3.16/data/annotation/src/contrib/GenomeInfoDbData_1.2.9.tar.gz"'
++ тр -д '"'
+ URL=https://bioconductor.org/packages/3.16/data/annotation/src/contrib/GenomeInfoDbData_1. 2.9.tar.gz
++ эхо '"7cc138cfb74665fdfa8d1c244eac4879"'
++ тр -д '"'
+ MD5=7cc138cfb74665fdfa8d1c244eac4879
+ curl -L https://bioconductor.org/packages/3.16/data/annotation/src/contrib/GenomeInfoDbData_1.2.9.tar.gz
  % Всего % Получено % Xferd Средняя скорость Время Время Время Текущее
                                 Dload Upload Общая потраченная левая скорость
100 11,1 млн 100 11,1 млн 0 0 11,9М 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 11.9M
+ [[ 0 == 0 ]]
++ uname -s
+ [[ Linux == \L\i\n\u\x ]]
+ md5sum -c
+ УСПЕХ=1
+ перерыв
+ [[ 1 != 1 ]]
+ R CMD INSTALL --library=/home/ezequielp/anaconda3/envs/dashboard_2/lib/R/library '/home/ezequielp/anaconda3/envs/dashboard_2/share/genomeinfodbdata-1.2.9/"GenomeInfoDbData_1.2.9.tar.gz"'
Ошибка в файле (имя файла, "r", кодировка = кодировка):
  не могу открыть соединение
Вызовы: источник -> файл
Дополнительно: Предупреждающее сообщение:
В файле (имя файла, "r", кодировка = кодировка):
  невозможно открыть файл 'renv/activate.R': нет такого файла или каталога
Казнь остановлена
код возврата: 1
варги:
{}
Traceback (последний последний вызов):
  Файл "/home/ezequielp/anaconda3/lib/python3. 10/site-packages/conda/exceptions.py", строка 1132, в __call__
    функция возврата (*args, **kwargs)
  Файл "/home/ezequielp/anaconda3/lib/python3.10/site-packages/conda/cli/main.py", строка 69., в main_subshell
    exit_code = do_call (аргументы, p)
  Файл "/home/ezequielp/anaconda3/lib/python3.10/site-packages/conda/cli/conda_argparse.py", строка 122, в do_call
    return getattr(module, func_name)(args, parser)
  Файл "/home/ezequielp/anaconda3/lib/python3.10/site-packages/conda/notices/core.py", строка 121, в оболочке
    функция возврата (*args, **kwargs)
  Файл "/home/ezequielp/anaconda3/lib/python3.10/site-packages/conda/cli/main_create.py", строка 41, выполняется
    установить(аргументы, парсер, 'создать')
  Файл "/home/ezequielp/anaconda3/lib/python3.10/site-packages/conda/cli/install.py", строка 334, при установке
    handle_txn (unlink_link_transaction, префикс, аргументы, newenv)
  Файл "/home/ezequielp/anaconda3/lib/python3.10/site-packages/conda/cli/install.py", строка 363, в handle_txn
    unlink_link_transaction. execute()
  Файл "/home/ezequielp/anaconda3/lib/python3.10/site-packages/conda/core/link.py", строка 283, выполняется
    self._execute (кортеж (цепочка (* цепочка (* zip (* self.prefix_action_groups.values ​​()))))))
  Файл "/home/ezequielp/anaconda3/lib/python3.10/site-packages/conda/core/link.py", строка 756, в _execute
    поднять CondaMultiError(
conda.CondaMultiErrorclass: LinkError
сообщение:
Сбой сценария пост-ссылки для пакета bioconda::bioconductor-genomeinfodbdata-1.2.9-r42hdfd78af_0
расположение сбойного скрипта: /home/ezequielp/anaconda3/envs/dashboard_2/bin/.bioconductor-genomeinfodbdata-post-link.sh
==> сообщения скрипта <==
<Нет>
==> вывод скрипта <==
стандартный вывод: /home/ezequielp/anaconda3/envs/dashboard_2/share/genomeinfodbdata-1.2.9/"GenomeInfoDbData_1.2.9.tar.gz": ОК
stderr: ++ имя каталога -- /home/ezequielp/anaconda3/envs/dashboard_2/bin/installBiocDataPackage.sh
+ SCRIPT_DIR=/home/ezequielp/anaconda3/envs/dashboard_2/bin/../share/bioconductor-data-packages
+ json=/home/ezequielp/anaconda3/envs/dashboard_2/bin/. ./share/bioconductor-data-packages/dataURLs.json
++ yq '."genomeinfodbdata-1.2.9".fn' /home/ezequielp/anaconda3/envs/dashboard_2/bin/../share/bioconductor-data-packages/dataURLs.json
+ FN='"GenomeInfoDbData_1.2.9.tar.gz"'
+ ИФС=
+ прочитать -r значение
++ yq '."genomeinfodbdata-1.2.9".urls[]' /home/ezequielp/anaconda3/envs/dashboard_2/bin/../share/bioconductor-data-packages/dataURLs.json
+ URL-адреса+=($значение)
+ ИФС=
+ прочитать -r значение
+ URL-адреса+=($значение)
+ ИФС=
+ прочитать -r значение
+ URL-адреса+=($значение)
+ ИФС=
+ прочитать -r значение
++ yq '."genomeinfodbdata-1.2.9".md5' /home/ezequielp/anaconda3/envs/dashboard_2/bin/../share/bioconductor-data-packages/dataURLs.json
+ MD5="7cc138cfb74665fdfa8d1c244eac4879"'
+ STAGING=/home/ezequielp/anaconda3/envs/dashboard_2/share/genomeinfodbdata-1.2.9
+ mkdir -p /home/ezequielp/anaconda3/envs/dashboard_2/share/genomeinfodbdata-1.2.9
+ TARBALL='/home/ezequielp/anaconda3/envs/dashboard_2/share/genomeinfodbdata-1.2.9/"GenomeInfoDbData_1. 2.9.tar.gz"'
+ УСПЕХ=0
+ для URL в ${URLS[@]}
++ echo '"https://bioconductor.org/packages/3.16/data/annotation/src/contrib/GenomeInfoDbData_1.2.9.tar.gz"'
++ тр -д '"'
+ URL=https://bioconductor.org/packages/3.16/data/annotation/src/contrib/GenomeInfoDbData_1.2.9.tar.gz
++ эхо '"7cc138cfb74665fdfa8d1c244eac4879"'
++ тр -д '"'
+ MD5=7cc138cfb74665fdfa8d1c244eac4879
+ curl -L https://bioconductor.org/packages/3.16/data/annotation/src/contrib/GenomeInfoDbData_1.2.9.tar.gz
  % Всего % Получено % Xferd Средняя скорость Время Время Время Текущее
                                 Dload Upload Общая потраченная левая скорость
100 11,1 млн 100 11,1 млн 0 0 11,9 млн 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 11,9 млн
+ [[ 0 == 0 ]]
++ uname -s
+ [[ Linux == \L\i\n\u\x ]]
+ md5sum -c
+ УСПЕХ=1
+ перерыв
+ [[ 1 != 1 ]]
+ R CMD INSTALL --library=/home/ezequielp/anaconda3/envs/dashboard_2/lib/R/library '/home/ezequielp/anaconda3/envs/dashboard_2/share/genomeinfodbdata-1.2.9/"GenomeInfoDbData_1.2.9.tar.gz"'
Ошибка в файле (имя файла, "r", кодировка = кодировка):
  не могу открыть соединение
Вызовы: источник -> файл
Дополнительно: Предупреждающее сообщение:
В файле (имя файла, "r", кодировка = кодировка):
  невозможно открыть файл 'renv/activate. R': нет такого файла или каталога
Казнь остановлена
код возврата: 1
варги:
{}
: <исключение str() не удалось>
Во время обработки вышеупомянутого исключения произошло другое исключение:
Traceback (последний последний вызов):
  Файл "/home/ezequielp/anaconda3/bin/conda", строка 13, в 
    sys.exit(основной())
  Файл "/home/ezequielp/anaconda3/lib/python3.10/site-packages/conda/cli/main.py", строка 112, в основном
    вернуть conda_exception_handler (основной, * args, ** kwargs)
  Файл "/home/ezequielp/anaconda3/lib/python3.10/site-packages/conda/exceptions.py", строка 1432, в conda_exception_handler
    return_value = обработчик_исключений(func, *args, **kwargs)
  Файл "/home/ezequielp/anaconda3/lib/python3.10/site-packages/conda/exceptions.py", строка 1135, в __call__
    вернуть self.handle_exception(exc_val, exc_tb)
  Файл "/home/ezequielp/anaconda3/lib/python3.10/site-packages/conda/exceptions.py", строка 1164, в handle_exception
    вернуть self.handle_application_exception (exc_val, exc_tb)
  Файл "/home/ezequielp/anaconda3/lib/python3. 10/site-packages/conda/exceptions.py", строка 1178, в handle_application_exception
    self._print_conda_exception (exc_val, exc_tb)
  Файл "/home/ezequielp/anaconda3/lib/python3.10/site-packages/conda/exceptions.py", строка 1182, в _print_conda_exception
    print_conda_exception (exc_val, exc_tb)
  Файл "/home/ezequielp/anaconda3/lib/python3.10/site-packages/conda/exceptions.py", строка 1109., в print_conda_exception
    stderrlog.error("\n%r\n", exc_val)
  Файл "/home/ezequielp/anaconda3/lib/python3.10/logging/__init__.py", строка 1506, ошибка
    self._log(ОШИБКА, сообщение, аргументы, **kwargs)
  Файл "/home/ezequielp/anaconda3/lib/python3.10/logging/__init__.py", строка 1624, в _log
    self.handle(запись)
  Файл "/home/ezequielp/anaconda3/lib/python3.10/logging/__init__.py", строка 1633, в дескрипторе
    если (не self.disabled) и self.filter (запись):
  Файл "/home/ezequielp/anaconda3/lib/python3.10/logging/__init__.py", строка 821, в фильтре
    результат = f.filter(запись)
  Файл "/home/ezequielp/anaconda3/lib/python3. 10/site-packages/conda/gateways/logging.py", строка 48, в фильтре
    запись.msg = запись.msg % new_args
  Файл "/home/ezequielp/anaconda3/lib/python3.10/site-packages/conda/__init__.py", строка 99, в __repr__
    errs.append(e.__repr__())
  Файл "/home/ezequielp/anaconda3/lib/python3.10/site-packages/conda/__init__.py", строка 54, в __repr__
    вернуть f"{self.__class__.__name__}: {self}"
  Файл "/home/ezequielp/anaconda3/lib/python3.10/site-packages/conda/__init__.py", строка 58, в __str__
    вернуть строку (self.message% self._kwargs)
ValueError: неподдерживаемый символ формата «T» (0x54) по индексу 2061
 

Но я соврал, потому что перед переустановкой окружения пробовал следующее:

conda install libgcc <-- не работает

conda update libstdcxx-ng <-- не работает

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/your /путь/к/conda/env/ lib <-- не работает

conda install -c conda-forge gcc=12.1.0 <-- не работает

strings /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.