• ГДЗ
• 1 Класс
  • Окружающий мир
• 2 Класс
  • Математика
  • Английский язык
  • Русский язык
  • Немецкий язык
  • Литература
  • Окружающий мир
• 3 Класс
  • Математика
  • Английский язык
  • Русский язык
  • Немецкий язык
  • Окружающий мир
• 4 Класс
  • Математика
  • Английский язык
  • Русский язык
  • Немецкий язык

Mass-Mole Calculations Chemistry Tutorial

Пожалуйста, не блокируйте рекламу на этом сайте.
Без рекламы = для нас нет денег = для вас нет бесплатных вещей!

Расчет массы чистого вещества (m = нМ)

1 моль чистого вещества определяется как имеющий массу в граммах, равную его относительной молекулярной массе.
Эта величина известна как молярная масса (символ M).
Итак, масса 1 моля чистого вещества = относительная молекулярная масса в граммах.
А, масса 1 моля чистого вещества = молярная масса чистого вещества (г моль ^-1 )
Или, масса 1 моля = M (г моль ^-1 )

В таблице ниже указана масса 1 моля ряда обычных чистых веществ:

название	молекулярная формула	относительная молекулярная масса	молярная масса (г моль -1 )	масса 1 моля (г)
газообразный гелий	He	4.003	4,003 г моль -1	4,003 г
газообразный кислород	O 2	2 × 16,00 = 32,00	32,00 г моль -1	32,00 г
углекислый газ	CO 2	12,01 + (2 × 16,00) = 44,01	44,01 г моль -1	44,01 г
жидкая вода	H 2 O	(2 × 1,008) + 16. 00 = 18,016	18,016 г моль -1	18,016 г

Из таблицы видно, что 1 моль воды имеет массу 18,016 грамма, что не очень много (примерно по массе воды в паре маленьких кубиков льда, которые вы бы сделали в своей семейной морозильной камере).

Но что, если бы у вас было 10 молей воды? Какой будет масса 10 молей воды?
Если 1 моль воды имеет массу 18,016 г, то 10 моль воды должны иметь массу в десять раз больше:
масса 10 моль воды = 10 × масса 1 моля воды
масса 10 молей воды = 10 × 18.016 = 180,16 г (примерно масса воды, которую можно налить в небольшой стакан)

Итак, если бы у нас было только ½ моля воды, какая масса воды была бы у нас?
Если 1 моль воды имеет массу 18,016 г, то ½ моля воды должно иметь ½ массы:
масса ½ моля воды = ½ × масса 1 моля воды
масса ½ моля воды = ½ × 18,016 = 9,008 г

В обоих приведенных выше примерах мы можем вычислить массу воды в граммах, умножив количество молей воды на массу 1 моля воды в граммах:

масса воды = моль воды × масса 1 моля воды

, поскольку масса 1 моля воды в граммах известна как его молярная масса, мы можем написать:

масса воды = моль воды × молярная масса воды

В таблице ниже сравнивается масса различных количеств воды в молях, и данные представлены в виде графика справа:

масса воды (г) = моль воды (моль) × молярная масса воды (г моль -1 ) 0 = 0. 00 × 18,016 9,008 = 0,50 × 18,016 18,016 = 1,00 × 18,016 27,024 = 1,50 × 18,016 180,16 = 10,00 × 18,016 270,24 = 15.00 × 18,016

Из данных в таблице мы можем обобщить и сказать, что для любого чистого вещества масса вещества в граммах равна количеству молей вещества, умноженных на массу 1 моля вещества: масса = моль × масса 1 моля , а поскольку масса 1 моля вещества (в граммах) = молярная масса (в граммах на моль) масса (г) = моль × молярная масса (г моль -1 ) м = n × M

На приведенном выше графике показана прямая линия, проходящая через начало координат (0,0), поэтому уравнение для линии имеет следующий вид: y = наклон × x , где y — масса воды (г) и x — моль воды (моль) и наклон (уклон) линии = вертикальный подъем ÷ горизонтальный ход = 270. 24 г ÷ 15 моль = 18,016 г моль -1 = молярная масса воды (г моль -1 ) Итак, уравнение для этой линии: масса (H 2 O) = молярная масса (H 2 O) × моль (H 2 O) В целом: масса (г) = молярная масса (г-моль -1 ) × моль (моль)

Выполните следующие действия, чтобы рассчитать массу чистого вещества с учетом количества вещества в молях:

1. Извлеките данные из вопроса:

   масса = m =? (единицы — граммы)
   родинок = n = запишите, что вам говорят в вопросе
   молярная масса = M = запишите, что вам говорят в вопросе (единицы измерения: г моль ^-1 )
   (может потребоваться вычислить это, используя молекулярную формулу чистого вещества и Периодическую таблицу)

2. Проверить единицы на соответствие и при необходимости преобразовать:

   Количество вещества должно быть в молях (моль)!
   Если количество указано в миллимолях (ммоль), разделите его на 1000, чтобы получить количество в молях (моль).
   Если количество указано в микромолях (мкмоль), разделите его на 1 000 000, чтобы получить количество в молях (моль).
   Если количество указано в километрах (кмоль), умножьте его на 1000, чтобы получить количество в молях (моль).

3. Напишите математическое уравнение (математическую формулу):

   масса = моль × молярная масса
   или
   м = n × M

4. Подставьте значения и решите уравнение, чтобы найти значение массы m в граммах (г).

Расчет молей чистого вещества (n = m / M)

В приведенном выше обсуждении мы обнаружили, что можем вычислить массу чистого вещества, используя моль и молярную массу вещества:

масса (г) = моль (моль) × молярная масса (г-моль ^-1 )

Как бы мы вычислили количество молей чистого вещества, если бы мы знали массу вещества?

(a) Мы могли бы использовать некоторую алгебру: разделите обе части уравнения на молярную массу:

моль = масса ÷ молярная масса

п = м ÷ М

(b) Мы могли бы использовать некоторую логику:

При рассмотрении единиц мы видим, что деление молярной массы на массу даст нам количество в единицах «моль ^-1 ».

молярная масса / масса = г моль ^-1 / г = моль ^-1

Если мы перевернем это вверх дном (в математических терминах, возьмем обратную величину), мы получим количество в единицах «моль», которое нам и нужно:

масса / молярная масса = г / г моль ^-1 = моль

так

моль = масса ÷ молярная масса

п = м ÷ М

Выполните следующие действия, чтобы рассчитать количество чистого вещества в молях с учетом массы вещества:

1. Извлеките данные из вопроса:

   масса = m = запишите, что вам говорят в вопросе
   молей = n =? (единицы моль)
   молярная масса = M = запишите, что вам говорят в вопросе (единицы измерения: г моль ^-1 )
   (вам может потребоваться вычислить это, используя молекулярную формулу чистого вещества и Periodic Ta

PyMol Tutorial

Учебное пособие по использованию PyMOL для создания показателей качества публикации.

Вы можете скачать файлы для обучающих программ здесь.
Файлов в комплекте:
1w2i.pdb — кристаллическая структура PH ацилфосфатазы (PDB: 1W2I) (Cheung et al, Биохимия, 44: 4601-4611.)
2fofc.map.xplor — карта электронной плотности из CNS / XPLOR (Файл карты имя должно включать расширение .xplor)
1w2i_nowat.PDB -Удалены молекулы воды и лиганда из 1w2i.pdb (для расчет электростатики). Поскольку PH Ацилфосфатаза существует как мономер в растворе, включена только цепь А.
apbs.in — входной файл шаблона APBS для расчета электростатики
pymol.dx — рассчитанная карта электростатики

PyMOL можно загрузить с http://pymol.sourceforge.net/
Помните, если вы делаете цифры для публикации, не забудьте процитировать:
DeLano, W.L. Система молекулярной графики PyMOL (2002) DeLano Scientific, Сан-Карлос, Калифорния, США.

1. Рисунок, показывающий карту электронной плотности

2. Загрузите файл карты
Файл -> Открыть -> 2fofc.map.xplor
Загрузка файла карты занимает некоторое время.

3.Увеличить активный сайт
PyMOL> выберите активный (resi 14-20,38) и цепочку A
PyMOL> активный масштаб
PyMOL> скрыть все
PyMOL> показать стик, активный

4. Найдите и отобразите воду активного участка
Мы знаем, что амидная группа Asn38 имеет водородную связь с активной водой.
PyMOL> выберите active_water, ((resi 38 и назовите ND2 и цепочку A) около 3,5) и (resn HOH)
Вышеупомянутая команда выбирает любые молекулы воды, которые составляют около 3.5А из атом ND2 resi 38 в цепи A
PyMOL> показать сферы, active_water
Атом кислорода теперь показан в его радиусе vdw. Мы можем уменьшить размер сферы до 0,5 А по:
PyMOL> изменить active_water, vdw = 0,5
PyMOL> rebuild

5. Отобразите электронную плотность вокруг атомов активного центра на сигма level = 1.0
PyMOL> isomesh mesh2, 2fofc.map, 1.0, (resi 14-20,38 и цепочка A), вырезать = 1.6
Поскольку остаточные атомы ранее были определены как «активные», вы можно просто набрать:
PyMOL> isomesh mesh2, 2fofc.map, 1.0, active, carve = 1.6

6. Вы можете изменить цвет карты:
PyMOL> цвет серый, сетка2

7. Обычно вы хотите установить белый цвет фона для публикация
PyMOL> bg_color white

8. Показатели качества публикации
Для визуализации фигуры с разрешением по умолчанию (640×480)
PyMOL> луч
Вы сможете предварительно просмотреть цифры с низким разрешением на экране.Если вы все сделали правильно, вы должны увидеть это:

Для визуализации фигуры с высоким разрешением
PyMOL> луч 2400,2400
Что ж, на его создание нужно время. Затем вы можете сохранить цифры в PNG файл
Файл -> Сохранить изображение

9. Вы можете сохранить сеанс:
Файл -> Сохранить сеанс
Сохраненный сеанс будет расширением .pse. Вы можете перезагрузить его дважды щелкните файл.pse в Windows.

2. Мультипликационное изображение и поверхность

1. Загрузите файл PDB
Файл -> Открыть -> 1w2i.pdb

2. Скройте все, а затем покажите протеиновый картон
PyMOL> скрыть все, все
PyMOL> показать мультфильм, все

3. Раскрасьте спираль, лист и петлю
PyMOL> фиолетовый цвет, ss h
PyMOL> цвет желтый, ss s
PyMOL> зеленый цвет, ss «»

4.Цветовая цепочка A и B
PyMOL> цвет красный, цепочка A
PyMOL> синий цвет, цепочка B

5. Создайте отображение поверхности для цепочки A
PyMOL> создать obj_a, цепочку A
PyMOL> показать поверхность, obj_a
Вы можете сделать поверхность частично прозрачной.
PyMOL> установить прозрачность = 0,5
PyMOL> set transparent = 0.1

6. Раскрасьте остаток активного сайта
PyMOL> выберите активный (resi 14-20,38 и цепочка A)
PyMOL> цвет желтый, активный
Попробуйте повернуть молекулу.Вы видите дыру вокруг желтого поверхность? Это колыбель активного центра для связывания фосфата.

Если вы не повернули молекулу, вы можете повернуть ее с помощью следующие команды для лучшего обзора подставки:
PyMOL> повернуть y, -60; поверните x, -20
PyMOL> активный масштаб

7. Найдите и отобразите связанный ион формиата на активном сайте.
PyMOL> выберите лиганд, активный около 3,5 и resn FMT
PyMOL> шоу-палочки, лиганд
PyMOL> показать сферы, лиганд
PyMOL> альтернативный лиганд, vdw = 0.5
PyMOL> перестроить
PyMOL> установить прозрачность = 0,25

8. Рендеринг и вывод
PyMOL> bg_color белый
PyMOL> луч
Файл -> Сохранить изображение

9. Отобразите боковую цепь остатков активного сайта поверх мультипликационное представление
PyMOL> скрыть поверхность
PyMOL> выберите сайдчейн, а не (имя c + n + o)
PyMOL> показать стикеры (активная и боковая цепь)
PyMOL> цвет синий, название n *
PyMOL> красный цвет, название o *
PyMOL> цвет белый, название c *

10.Отображение и измерение расстояний
Мастер -> Измерение -> Расстояние
Щелкните два атома, чтобы получить расстояние между этими двумя атомами.
Используйте это, чтобы измерить расстояние между атомами аргинина N и атомы кислорода формиат-иона.
Когда вы закончите, нажмите кнопку «Готово»

Вы также можете измерить расстояние между двумя атомами:
PyMOL> расстояние resi 20 и имя Nh3 и цепочка A, resi 1092 и имя O2 и цепь A

Метку расстояния можно скрыть с помощью
PyMOL> скрыть метки

11.создать фигуру
PyMOL> луч
Файл -> Сохранить изображение

3. Использование APBS и PyMOL для отображения электростатической поверхности

Вам нужно удалить молекулу воды и лигандов из 1w2i.pdb.

1w2i_nowat.pdb -Удалены молекулы воды и лиганда из 1w2i.pdb (для расчет электростатики). Поскольку PH Ацилфосфатаза существует как мономер в растворе, включена только цепь А.
apbs.in — входной файл шаблона APBS для расчета электростатики
pymol.dx — расчетная карта электростатики

A. Использование APBS для расчета карта электростатики
Мы предполагаем, что вы установили APBS и PDB2PQR в Linux машина.
1. Используйте PDB2PQR для преобразования формата PDB в формат PQR
. > pdb2pqr.py —ff = янтарный —apbs-in 1w2i_nowat.pdb pymol.pqr
Файл PQR будет выведен в pymol.pqr.

2. Используйте psize.py, чтобы определить размеры сетки для расчета APBS
> psize.py pymol.pqr
Вы должны увидеть следующие результаты:

Центр = 37,468 x 31,798 x 12,177 A
:
:
Размер крупной сетки = 53,011 x 58,568 x 65,807 A
Размер мелкой сетки = 51,183 x 54,452 x 58. 710 A
Чис. мелкая сетка пц. = 97 х 97 х 97

Обратите внимание на эти параметры.

3. Отредактируйте apbs.в
Вам необходимо ввести следующие параметры:

cgcent 37,468 31,798 12.177 # Сетевой центр
fgcent 37,468 31,798 12.177 # Сетевой центр

cglen 53,011 58,568 65.807 # грубый длина ячейки (A)
fglen 51.183 54.452 58.710 # штраф длина ячейки (A)

копейки 97 97 97 # Точки сетки

4.Запустите APBS
> apbs apbs.in
Через некоторое время он создаст карту электростатики под названием «pymol.dx».

B. Использование PyMOL для визуализации карта электростатики

1. Откройте PDB и файлы pymol.dx.
Файл -> Открыть -> 1w2i_nowat.pdb
Файл -> Открыть -> pymol.dx

2. Отобразить электростатическую поверхность
Плагин -> Инструменты APBS -> Визуализация

Нажмите кнопку «Показать» в меню «Молекулярная поверхность».
Значение по умолчанию: Синяя поверхность: +1 kT Красная поверхность: -1 kT

Теперь измените настройку по умолчанию на -10 и +10, и нажмите «Показать» кнопку еще раз.
Можете ли вы найти колыбель с синей поверхностью? (т.е. положительно заряженный) на молекуле белка? Это активный сайт PH ацилфосфатазы, которая связывает отрицательно заряженный субстрат.

4. Создание серии файлов PNG для анимированного фильма в формате GIF

File-> Open-> 1w2i_nowat.pdb

PyMOL> orient
PyMOL> скрыть все, все
PyMOL> показать мультик, все
PyMOL> цвет фиолетовый, ss h; цвет желтый, сс с; цвет зеленый, ss «»

PyMOL> mset 1 x60
Эта команда создает фильм из 60 кадров
PyMOL> util.mrock 1,60,180
Эта команда раскачивает молекулу белка +/- 180 градусов за 60 кадров
PyMOL> mplay
Эта команда воспроизводит фильм

2.А теперь попробуйте это:
PyMOL> util.mroll 1,60
Эта команда поворачивает молекулу белка на 360 градусов за 60 кадров
Введите «mstop», чтобы остановить анимацию

3. Сохранение кадров в формате PNG
PyMOL> рамка mpng
Это создаст frame0001. png frame0002.png и т. Д.

Если вы хотите рендеринг с трассировкой лучей для всех кадров, вы можете:
PyMOL> установить ray_trace_frames = 1
PyMOL> кадр mpng
Очень хорошее качество анимации, но очень медленное создание всех файлов PNG !!

4.Вы можете конвертировать эти PNG-файлы пакетно в GIF с помощью программы XnView, а затем объединить эти GIF-файлы. файлы для создания анимированного GIF с помощью UnFREEz:

5. Структурное выравнивание двух гомологичных белков

PyMOL> выровнять 1w2i_nowat, 2ACY
В текстовом окне вы должны увидеть следующее:
ExecutiveAlign: 446 атомов. выровнен.
ExecutiveRMS: 23 атома отклонено во время цикла 1 (RMS = 0,86).
ExecutiveRMS: 20 атомов отклонено во время цикла 2 (RMS = 0,63).
Исполнительный: RMS = 0,541 (от 403 до 403 атомов)
В этом случае RMSD составляет 0,541 A.

Чаще люди сообщают значения Ca RMSD, которые можно определить. по:
PyMOL> выровняйте 1w2i_nowat и назовите ca, 2ACY и назовите ca, cycle = 0

CBSE | Академический блок: Curriculum / Syllabus

• Дом
• Архив

© 2012 Группа исследований и разработок CBSE